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Se, por algum motivo, alguma ligação não estiver operacional agradece-se que contactem para este e-mail. Do mesmo modo que se agradece informação sobre software que possa ser útil para ser adicionado a esta lista.

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> Edição de fórmulas e estruturas químicas (2D)

 

   

> Chemsketch 5.0

  É um programa muito completo de edição de estruturas e reacções químicas, que tem também um modo de desenho com a possibilidade de inserção de texto, possibilitando a construção de esquemas e de montagens reaccionais. Possui ferramentas que melhoram a apresentação das estruturas desenhadas (para os menos habilidosos), verificam a existência de tautómeros e calculam a conformação mais estável de moléculas orgânicas (segundo o paradigma da mecânica molecular). Estão ainda disponíveis vários algoritmos que estimam o valor de uma série de propriedades, como sejam a massa molar, o volume molar, o índice de refracção, a tensão superficial, a constante dieléctrica, a polarizabilidade, etc... (algumas destas estimativas só são possíveis para moléculas simples). O programa possui também vários acessórios, como o 3Dviewer que pode visualizar as moléculas construídas (ou em formato .mol), e o Specviewer (distribuído independentemente) para visualizar e efectuar operações básicas (apontar comprimentos de onda, áreas de picos, etc...) em espectros de IV, UV-Vis, RMN e cromatogramas (formatos .dx, .jdx, .spc...).

 

> ISIS Draw 2.4

  Um programa simples mas muito completo de edição de reacções e estruturas químicas. Permite o cálculo de massas molares e a obtenção do nome IUPAC das estruturas orgânicas desenhadas. Existe uma ferramenta que permite averiguar se uma reacção química está escrita de forma correcta, e é possível formatar a aparência das estruturas desenhadas, por forma a que cumpram as normas das revistas internacionais. Possui ainda um grande número de estruturas pré-concebidas, como sejam açúcares, bases de ADN, aminoácidos, éteres coroa, etc... O programa possibilita a exportação de estruturas em vários formatos, entre os quais .mol, permitindo a posterior visualização a 3 dimensões das estruturas desenhadas.

 

> WinDrawChem 1.6.2

  Programa muito simples de edição de estruturas químicas 2D. Ideal para quem apenas procura desenhar esquemas químicos e que não necessita de nenhum acessório sofisticado.

 

 

 

> Visualização de modelos moleculares 3D

 

 

> Rasmol 2.7.2.1

  Este é um dos mais famosos programas para visualização de modelos moleculares a 3 dimensões. O programa é compatível a grande maioria de tipos de ficheiros de representação molecular tridimensional, não sendo no entanto possível criar estes ficheiros. Existe um grande número de outras aplicações que podem funcionar em conjunto com o Rasmol, algumas das quais permitem criar estruturas a três dimensões (e.g. ISIS Draw).

O programa está dividido em duas janelas: uma de visualização, onde apenas se tem acesso a um reduzido número de opções; e uma janela em forma de linha de comandos que para além de definir parâmetros de visualização permite retirar informações sobre a própria estrutura da molécula. Esta característica é particularmente útil no caso de moléculas biológicas sendo possível, entre outras, ter acesso à sequência de aminoácidos ou nucleótidos de uma cadeia, o número de cadeias de uma estrutura, bem como a visualização da estrutura secundaria de uma cadeia polipeptídica.

Para além de ser gratuito e estar disponível para um grande número de plataformas (Windows, Mac, Unix, Linux, etc...), o seu código fonte está acessível a quem o quiser/puder melhorar (open source), o que permite uma actualização constante e de acordo com os desejos dos utilizadores.

Trabalhar com a linha de comandos pode ser trabalhoso, por isso existe o RasTop que é uma interface gráfica, que facilita a maior parte das operações efectuadas na linha de comandos.

 

> ViewerLite 5.0

  É um programa de visualização de modelos moleculares a 3 dimensões muito simples, mas que produz modelos muito perfeitos do ponto de vista visual. Tem vários modos de visualização (poligonal, bola e arame ou em palito) e aceita vários formatos de ficheiros correntes em estruturas moleculares (.mol, .pdb, .xyz, .csd, .msi). O programa tem uma versão mais avançada com duração limitada (demo) que já permite a construção de modelos em 3D.

 

> Molecular Images 4

  Este programa foi concebido para a análise estrutural de biomoléculas, e não só para a sua visualização. Permite, por exemplo, alterar um aminoácido numa sequência de polipéptido e analisar a alteração da estrutura. Para além disso tem um motor gráfico muito sofisticado que permite criar verdadeiras "obras de arte". O único senão é só aceitar ficheiros no formato .pdb.

 

> Mercury 1.1

  Este programa é concebido essencialmente para visualizar todo o tipo de redes cristalinas e foi feito pela Cambridge Structural Database. Dá também para ver a rede recíproca dum cristal.

 

> ORTEP3 1.074

  Oak Ridge Thermal Ellipsoid Program. Este programa não é muito estético mas é interessante para visualizar estruturas de raios-X acabadinhas de "sair" do aparelho. É o programa originário dos modelos tipo "grão de café".

 

> Jmol 7

  Programa de visualização de modelos moleculares que para além de suportar os formatos de modelos tradicionais permite visualizar o resultado de estruturas obtidas por programas como o Gaussian ou o GAMESS. Para além de ser possível determinar grandezas estáticas como o ângulo ou comprimento de ligações, é também possível animar estruturas com base em resultados de cálculos de modos vibracionais e optimização de geometria. O programa é escrito em Java o que o torna compatível com um elevado número de plataformas, mas tem como consequência uma velocidade de execução algo lenta.

 

 

 

> Química Orgânica

 

 

> OSET

  Este é um programa simples de síntese orgânica baseado no conceito de retrossíntese. Desenha-se a molécula e ele apresenta a sua síntese. O problema é que o programa não é à prova da estupidez e por vezes as sínteses escolhidas não são as mais viáveis. Mas quando se tem dúvidas sobre como sintetizar uma molécula sempre pode dar uma dica no caminho certo.

 

> Hückel

  Este programa é também indicado para Química Quântica e essencialmente calcula os níveis de energia das orbitais moleculares de níveis π em sistemas conjugados (até 20 átomos de C) e também incluindo heteroátomos como B,N,O e F.

 

 

 

> Química Analítica

 

 

> Polar 5.1

  Este programa faz vários tipos de simulação electroquímica (polarogramas) com várias geometrias de eléctrodo.

 

> MICADS

  Programa de especiação química de utilização algo difícil. Tem como particularidade especial a possibilidade de incluir no cálculo de especiação, espécies adsorvidas a partículas em suspensão

 

 

 

> Química-Física e Inorgânica

 

 

> CACAO98

  Computer Aided Composition of Atomic Orbitals. É um programa feito para Windows para análise de todo o tipo de orbitais moleculares pelo método de Hückel Alargado (a ligações σ) que é um método semi-empírico. Tem exemplos muito interessantes como o Ferroceno e o outros organometálicos e só por isso tem um carácter pedagógico inquestionável. É preciso saber programar ficheiros de input com as coordenadas dos átomos em forma de matriz-z e para isso só quem quiser mesmo dar-se ao trabalho de aprender.

 

> MOPAC 7.21

  Molecular Orbital PACkage” é um programa de uso relativamente fácil que determina estruturas electrónicas de moléculas com elementos essencialmente do bloco p, usando métodos semi-empíricos como o PM3 (Parametric Model 3), MNDO (Modified Neglect of Differential Overlap) e o AM1 (Austin Model 1).

 

> GAMESS

 General Atomic and Molecular Electronic Structure System, é o único programa compatível com ambiente Windows gratuitamente distribuído capaz de realizar cálculos ab initio "hardcore" e como tal não é fácil de usar. É baseado no DOS e só pode trabalhar a partir da linha de comandos. O site apresenta alguns exemplos para o programa. Pode calcular, para além de níveis de energia por TEV (GVB) e TOM (Hartree-Fock), modos vibracionais e estados de transição etc. É necessário dar o nome e o e-mail para registo de uma licença (mera formalidade).

 

> AOM

  Ficheiro de Excel que calcula energias aproximadas de orbitais d em várias geometrias pelo modelo de sobreposição angular.

 

> Kintecus

  Este programa permite modelar a cinética química de várias reacções que vão desde as biológicas às reacções em catálise heterogénea e optimizar parâmetros experimentais de constantes de velocidade, energias de activação etc.

 

> Mestrec

  Programa que não só visualiza espectros de RMN como também consegue fazer simulações.

 

> Orbital Viewer

  Um programa gráfico que permite visualizar a forma das orbitais atómicas, ou combinações lineares destas para formar orbitais moleculares.

 

 

 

> Química do Estado Sólido e de Materiais

 

 

> BICON-CEDiT 2000

  Este programa calcula a estrutura electrónica (bandas) de compostos inorgânicos no estado cristalino pelo método semi-empírico de Hückel alargado. Os exemplos são bastante interessantes e é indispensável para quem faz Química do Estado Sólido. O programa só tem um senão: funciona apenas em DOS (usa-se o terminal) e para visualizar os diagramas de densidade de estados em função do espaço k (diagramas de esparguete) e o diagrama de bandas o interface gráfico precisa de ter uma resolução de 256 cores e preferivelmente compatibilidade com Windows NT 4.0 (para o qual foi compilado), isto é fácil de conseguir com o Windows XP que já tem uma opção própria para compatibilidade de programas.

 

> Kalypso 1.01

  Este programa é interessante porque simula dinâmica de sólidos e colisões atómicas com superfícies metálicas.

 

 

 

> Plug-ins

 

 

> Chime 2.6 SP3 ou SP4

  Este programa permite visualizar e "interagir" com estruturas moleculares a 3 dimensões disponibilizadas por várias páginas na internet.

 

 

 

> Recursos Online

 

 

> Ferramenta de nomenclatura IUPAC

  Este é um serviço prestado pela Advanced Chemistry Development Inc. (ACD), posto à disposição através da página do Instituto Superior Técnico, que possibilita a obtenção do nome IUPAC de compostos com menos de 50 átomos, desenhando a sua estrutura no ecrã. Dada a sua interface, esta ferramenta pode ser utilizada para edição e impressão de estruturas químicas, não sendo necessária a instalação de nenhum programa específico.

 

> Calculadora de erros  

Ferramenta extremamente útil para o cálculo de propagação de erros. Aconselha-se que antes de usar este recurso de forma intensiva se teste a exactidão dos resultados produzidos.

 

 

 

e-mail: cceq0207@fe.up.pt

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