No domínio da investigação o Departamento de Engenharia Civil participa em numerosos Projectos de Investigação e Desenvolvimento a nível nacional e internacional, encontrando-se organizado em quatro Núcleos de Investigação que correspondem às Unidades de I&D inseridas no programa de financiamento plurianual da Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) com actividade centrada no DEC. Esses quatro núcleos são os seguintes:

• CEC - Centro de Estudos da Construção;
• CITTA - Centro de Investigação do Território, Transportes e Ambiente;
• LABEST - Laboratório da Tecnologia do Betão e do Comportamento Estrutural.