Sob o ponto de vista profissional os Mestres em Engenharia do Ambiente devem possuir a capacidade para conceber, projectar e implementar tecnologias preventivas, de intervenção, de reabilitação e de redução da contaminação, de forma a minorar ou a eliminar os efeitos nefastos da poluição e a diminuir a intensidade de utilização dos recursos naturais, minimizando os impactos negativos da actividade humana no Ambiente. Algumas das actividades típicas de um Mestre em Engenharia do Ambiente incluem:

• Projecto e gestão de estações de tratamento de águas e águas residuais;
• Monitorização de descargas de efluentes líquidos, emissões gasosas, qualidade da água e qualidade do ar;
• Diagnóstico de situações de contaminação: amostragem, análise, tratamento dos dados, interpretação, análise do impacto e análise de risco;
• Projecto e gestão de sistemas de tratamento de resíduos sólidos e lamas;
• Previsão do movimento dos contaminantes nos grandes compartimentos ambientais: atmosfera, água superficial, subterrânea e solo;
• Projecto e planeamento de estratégias de reabilitação de locais contaminados;
• Ecologia industrial e sistemas de gestão ambiental;
• Desenvolvimento de estratégias de resposta a situações excepcionais de emergência, tais como derrames petrolíferos;
• Planeamento da execução, direcção técnica e fiscalização de empreendimentos do tipo dos anteriormente referidos; Elaboração de estudos de impacte ambiental, nomeadamente os associados a grandes empreendimentos de engenharia.

O curso de Mestrado Integrado em Engenharia do Ambiente é uma formação abrangente, de espectro largo, que pretende proporcionar uma visão integrada, holística e multi-disciplinar à solução dos problemas ambientais, desenvolvendo a capacidade de prevenir e de identificar efeitos ambientais perversos, de os solucionar tecnologicamente e de integrar as soluções num desenvolvimento industrial e social que se deseja sustentável.